فعالیت‌های مربوط به توسعه منابع آب تغییراتی را در محیط زیست بدنبال دارد . اثرات زیست محیطی سیستم‌های توسعه منابع آب ، در ضمن مفید بودن می‌تواند مضر هم باشند . برای مثال مخازن سد ها اغلب بخش‌هائی از بستر سیل گیر رودخانه و نیز حوزه آبریز را تخریب می‌نمایند درحالیكه از طرف دیگر دریاچه‌ای بوجود می‌آورند و به این ترتیب بعضی از خصوصیات زیست محیطی و اكولوژی این رودخانه‌ها در حوزه‌های آبریز از دست میرود .

افزایش دمای زمین به این معنی است كه سطح آب دریا بالا خواهد رفت و مناطق ساحلی و روخانه‌ها را غرقاب خواهد كرد و زندگی بیش از 100میلیون جمعیت را به مخاطره خواهد انداخت . گذشته از آن الگوی بارندگی ها بی تردید تغییر كرده و كشاورزی مختل می‌شود ، همچنین این تغییر الگو باعث میشود كه طوفان‌ها و گردبادها ، پرقدرت تر شده و موجب جاری شدن سیل شود .محیط زیست , آب
همینطور امكان دارد كه نواحی گرم و خشك جهان كوچك تر شوند و آز آنجا كه این دگرگونی ها سریع خواهد بود ، اكوسیستم های طبیعی یعنی زمین‌های مرطوب یا زمین‌های هموار و اصولا جانوران و گیاهانی كه به زندگی در شرایط آب و هوائی معین خو گرفته اند ناگهان خود را با اوضاع متفاوت مواجه خواهند دید و همین مسئله باعث نابودی و انقراض بسیاری ازاین گونه های جانوری و گیاهی خواهد شد .

تخریب جزایر مرجانی ، صید بی رویه ماهی و آلودگی اقیانوس‌ها ، فجایعی ساخته و پرداخته دست بشر است . مواد نفتی ، فاضلاب و رسوبات مواد شیمیائی ، كودهائی كه به‌ درون دریا میریزند بدون شك ماهی ها و پرندگان دریائی را بیمار می‌سازد و مواد ناشی از پسماندها موجب رشد خزه های دریائی شده درنتیجه باعث نابودی حیات دریائی می‌گردد. از طرف دیگر آلودگی آب‌های زیر زمینی ناشی از نشت و نفوذ شیرابه در جایگاه‌های دفن زباله ، از معضلات عمده‌ای است كه مسائل بهداشتی زیست محیطی عدیده ای را ایجاد نموده است . در اثر فعل و انفعالات و واكنش‌های مختلف در درون گودال‌ها و انبار‌های زباله و نزدیك بودن سطح بسته گودال‌ها به آبهای زیر زمینی ، شیرابه به سهولت در این آبها نفوذ كرده و هرگونه مصارف آنی آب را غیر ممكن می‌سازد . این مسئله از آن جهت اهمیت بیشتری می‌یابد كه جدا سازی مواد سمی ، صنعتی و بیماری زا‌ی مراكز بهداشتی درمانی ، از زواید شهری انجام می‌شود و مراكز دفع زباله ، پذیرای هرگونه زوایدی می‌باشند . بطوری كه این مواد با ایجاد تغییرات نامطلوب در خواص فیزیكی و شیمیائی و بیولوژیكی كیفیت آب را پائین می‌آورند . و گاهی نیز آلودگی ها زوال پذیرند و به آسانی تجزیه و تقلیل داده می‌شوند مانند مواد زائی كشاورزی ، حیوانی و … بعض زباله‌ها به آسانی یا هرگز تجزیه نمی‌شوند و انحطاط پذیرند مانند جیوه ، سرب ، پلاستیك ، و…كه باید حتی المقدور از انداختن یا ریختن آنها در آب جلوگیری شود . زیرا وجود این عناصر در آب آشامیدنی به اندازه بالاتراز حد مجاز تاثیر مخربی بر سلامت انسان می‌گذارند و آب را به منشاء بیماری‌های گوناگون مبدل می‌سازند .

مقادیر غیر مجاز پلاستیك باعث بروز بسیاری از اختلالات ژنتیكی و سرطان پوست می‌شود. موجودات ذره‌ بینی مانند میكروب ها،قارچ ها و … باعث بروز انواع بیماری های انسانی شده و بهداشت آب را به خطر می‌اندازند . بعضی از جلبكها ، نوعی مواد سمی تولید می‌كنند كه هم باعث بیماری شده و هم تاسیسات و فرایند تصفیه را دچار اشكال می‌كنند . شهر نشینی و فعالیت های صنعتی و كشاورزی زمینه بسیار مساعدی برای رشد و انتقال آلودگی ها از طریق آب بوجود آورده است .
اگر فرض شود كه هر متر مكعب آب آلوده می تواند تا 40 متر مكعب آب سالم را آلوده سازد مجموعه پساب هائیكه هر روز تولید می شود تهدیدی بسیار جدی برای منابع آب خواهد بود . به گزارش سازمان بهداشت جهانی تقریبآ از هر سه نفری كه در كشورهای در حال توسعه زندگی می كنند یكنفر آب آشامیدنی سالم در دسترس ندارند . هر سال سه میلیون كودك زیر 10 سال بعلت كمبود آب سالم و امكانات بهداشتی از از بین میروند .
در كشورهای جهان سوم 80 درصد كل بیماریها مربوط به مصرف آب آلوده است كه 33 درصد كل مرگ ومیر در این كشورها ، باعث می شود ، یعنی در واقع 25 هزار نفر در روز بدلیل استفاده از آب آلوده از بین میروند . این سناریو تیره و غم افزا ممكن است موجب شود كه دولت های جهانی به خود آمده و دست به اقدامات جدی بزنند . زیرا به رغم همه این دشواریها تا حدودی جا برای امیدواری هست و به كمك اقدامات مناسب و عزم و اراده لازم برای بكار گرفتن آنها می‌توان از روند نابودی منابع آب كاست و یا آنرا متوقف نمود .
از طرفی پیشگیری از آلوده سازی آب یكی از راه‌های علمی و با صرفه است ، موفقیت این امر در گروه یك عزم ملی و فرا گیر است . ایجاد اهرم های قوی قانونی ، استحكام و قاطعیت در برخورد با آلوده كنندگان منابع آب و پیامدهای ناشی از آلودگی آن برای افزایش آگاهی عمومی از جمله مواردی است كه باید در سطح جهانی به آن توجه اكید مبذول شود و كشورهای مختلف با توجه به شرایط اجتماعی، صنعتی و كشاورزی و انواع آلاینده‌ها و پساب های ناشی از فعالیت های انسانی ، استانداردهای خاصی برای خود تهیه كرده‌اند و بسیاری از عوامل تشكیل دهنده این استانداردها در سطح جهانی یكسان و مشابه است . بنابراین كشورهای درحال توسعه نیز باید در جهت رفع مشكلات زیست محیطی و حفظ بهداشت جامعه خود بكوشند و از این استانداردها بهره گیری نمایند .